Dependiente del Centro Recordatorio del Holocausto, Asociación Civil fundada en 1953 por sobrevivientes de la Shoá llegados a Uruguay. Desde 1987 tiene sede en su actual emplazamiento, y hasta el año 2000 fue el único museo de Sudamérica dedicado a recordar e investigar el Holocausto.
En noviembre de 2019 inauguró una nueva propuesta museográfica, luego de trabajos que renovaron totalmente sus salas, actualizando contenidos e incorporando recursos tecnológicos para brindar contenidos informativos y educativos a los visitantes.